拥有不堪回首过去的安藤满男（佐藤浩市 饰）一早接到同事宫下（鹤见辰吾 饰）的电话，得知医科大读书时的好友高山龙司（真田广之 饰）意外死亡。安藤为高山的尸体进行解剖，排除了自杀和他杀的原因，发现好友死于心肌梗塞。在警方的安排下，他见到了高山的情人高野舞（中谷美纪 饰），却听到了朋友因一卷录像带而丧命的

　　

　　故事开始于十五年前。稻村小春（田中裕子 饰）有一段非常不幸的婚姻，她的丈夫是一个不折不扣的酒鬼加暴力狂，当这个男人试图将暴力发泄在他们的三个孩子身上时，身为母亲的小春再也无法忍耐和坐视不管了，为了保护孩子们，她亲手杀死了丈夫，锒铛入狱，也就此改变了稻村一家人的命运。　　一晃眼十五年过去，稻村家的

　　击退各种怪人，守护世界和平的警察大场博人（乡广美）唯一的放松便是与女儿亚希（上白石萌音）的视频通话。本以为明年退休后可以跟女儿一起悠闲生活的他不料却收到了恐怖袭击预告。

　　知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人

　　小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前

　　一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，毛利小五郎也被邀请参加，柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有

　　东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。　　这日京都古寺

　　阳光明媚的一天，东都体育场正进行一场东京Spirit和大阪钢巴的精彩足球比赛，江户川柯南（高山南 配音）、灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边，事务所内的毛利小五郎（小山力也 配音）却接到一通恐怖袭击的电话。经过一番努力，小兰（山崎和佳奈 配音）

　　漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该