2018年から2020年に放送されていたアニメ「ゲゲゲの鬼太郎」第6期の映画化作品にあたる。「鬼太郎誕生 ゲゲゲの謎」のタイトルで、鬼太郎の誕生に隠された謎が描かれる。

　　C.E.75 ，战斗还在持续着。　　来自独立运动“蓝色宇宙”的进攻……　　为将事态平息，以拉克丝为第一任总裁的世界和平监视组织·COMPASS　成立，基拉等人作为其中的一员介入各地的战斗。　　就在这时，新兴国家“凡恩戴森”提出对“蓝色宇宙”根据地的联合作战。

　　新婚夫妇菜奈（原田知世饰）和翔太（田中圭饰）搬进了公寓的新房，幸福甜蜜的两人对新生活充满期待。搬家当天公寓要开居民会，菜奈猜拳输给了翔太，便独自前去参加。　　除会长早苗（木村多江饰）、管理人床岛（竹中直人饰）以外，还有田宫（生濑胜久饰）、黑岛（西野七濑饰）等共十三人参加了居民会。闲聊时，床岛一句

　　2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

　　因人体实验成为改造人类的キサラギ，正被一个组织追击。　　这个组织是企图征服被分割的“东京”的不死吸血鬼团体“不死骑士团”。　　发誓为死去的头目复仇的黑帮成员们也加入了追捕，形势升级为多方对抗。　　“原本没有理由活下去，但也没有理由被这些家伙杀掉──”　　运用改造过的身体中嵌入的各种武器和自己特殊